Next Generation Sequencing System (NGS)

Technische Spezifikationen (Mindestanforderungen) 1. Long Reads Die Sequenzierplattform soll in der Lage sein, Long Reads mit einer Länge von mindestens 5.000 Basenpaaren zu generieren. Ebenfalls soll er aber auch in der Lage sein, Längen ein-zelner reads von mehreren 100.000 Basenpaaren zu generieren, um vorhandene lange repetitive Sequenzen in einem Genom zu überspannen. 2. Flexibilität Je nach Probenzahl und Genomgröße sollen die Verbrauchsmittel pro Lauf anpassbar sein. Das bedeutet, je nach Probenaufkommen sollen einzelne oder parallelgeschaltete Flusszellen einsetzbar sein, um Wartezeiten und unnötige Kosten zu vermeiden. 3. Genauigkeit Die Sequenzierplattform soll eine Genauigkeit von mindestens 99% aufweisen, um die Fehlerquote bei der Assemblierung der Genome zu minimieren. 4. Coverage Die Abdeckung probakteriellem Genom (international als coverage bezeichnet) soll bei ei-nem Sequenzierlauf bei einem Wert von mindestens 30 liegen. 5. High throughput Pro Lauf/Kavität sollen bis zu 50Gb Daten generiert werden können, um die Coverage bei der Genomassemblierung zu maximieren. 6. Multiplexing Die Sequenzierplattform soll in der Lage sein, mindestens 5 DNA -oder RNA- Proben zeitgleich zu verarbeiten. 7. Direct RNA-Sequenzierung Die Sequenzierplattform muss in der Lage sein, RNA direkt und nicht über einen cDNA Schritt zu sequenzieren (z.B.: Genomsequenzierung von RNA-Viren oder bakterielle rRNA). 8. Echtzeitsequenzierung (Read-Until) Beim Sequenzieren muss das Gerät in der Lage sein, bestimmte DNAs (z.B. Humane DNA) während des Prozesses des Sequenzierens direkt zu erkennen und diese, je nach Vorgabe, gezielt zu sequenzieren oder aus der Analyse auszuschließen. Dies erhöht sowohl die Kapazität der Flusszellen, als auch die Qualität der Sequenzierung in Form nahezu ausschließlich spezifischer Nukleinsäuresequenzen. Hierzu ist eine Echtzeitsequenzierung notwendig. 9. Software Die Software der Sequenzierplattform soll eine einfache Bedienung und eine intuitive Benutzeroberfläche bieten. Auch Software-Updates sollen einfach und vom Benutzer durchgeführt werden können und mind. für 12 Monate kostenfrei zur Verfügung stehen. 10. Portabilität Das Gerät soll problemlos an einen anderen Ort transportiert und eingesetzt werden kön-nen.